На сегодняшний день фонд насчитывает около 570 тысяч экземпляров и включает нотные издания, отечественные и зарубежные книги и журналы, в том числе редкие издания, рукописи, диссертации, фотографии, программы, буклеты, афиши. Фонд НМБ включает в себя следующие фонды: нотной литературы (330 тыс. экз.); учебной и научной литературы (112 тыс. экз.); художественной литературы (19 тыс.) ; иностранной литературы (57 тыс. экз.); периодики (около 46 тыс. экз.), рукописей (9400 экз.), фонд книгообмена   (759 экз.).Общий прирост фонда НМБ за 1997-2002 гг. – более  35 000 экз.

Важнейшая и основная часть фонда Библиотеки - отдел нотных изданий, насчитывающий 330 тыс. экземпляров изданий конца XVII - XX вв. русской и зарубежной музыки. Имеется фонд оркестровых голосов - 130500 экз. В  отделе хранятся партитуры, клавиры, фортепианные и вокальные сочинения, произведения камерно-инструментальной музыки, этнографические вокальные сборники, духовные сочинения . Фонд отражен в генеральном алфавитном и систематическом каталогах.

Фонды отдела учебной и научной литературы насчитывают около 112 тысяч экземпляров: отечественные книги XVIII - XX вв. (учебники, монографии, сборники статей, методические пособия) и периодические издания с 1860-х гг. по вопросам музыкального искусства, а также литература по театру, балету, истории, эстетике, языкознанию и другим областям знаний. Выделен фонд художественной литературы (19 тыс. экз.). Имеется также фонд диссертаций, защищенных в СПб Консерватории в 1940 - 2002 гг. Все фонды отдела отражены в генеральном алфавитном и систематическом каталогах, а также в различных картотеках.

В фонде отдела иностранной литературы хранятся 18 тыс. экземпляров книг и более 38 тысяч журналов на всех европейских языках по истории и теории музыки, музыкальному театру, эстетике, философии, социологии музыки, отдельные издания художественной литературы. Отдел располагает алфавитным и  систематическим каталогами и картотекой персоналий.

Уникальным по своему содержанию является фонд отдела рукописей, в котором находится 9400 единиц хранения (2520 - нотных рукописей, 4900 - писем , 1458 фотографий).

В течение последних пяти лет организован фонд книгообмена (759 экз.) на основе дублетных экземпляров изданий, поступивших в НМБ как дары.