В штат библиотеки введены ставки научных сотрудников, что дает возможность привлечь к научно-исследовательской деятельности специалистов в области музыкознания и книговедения. Ежегодно они принимают участие в различных научных конференциях с докладами и сообщениями, посвященными изучению материалов, хранящихся в фондах НМБ.

Основой научно-исследовательской деятельности библиотеки является научное описание редких и ценных рукописей и изданий, изучение истории фондов, описание мемориальных коллекций, уточнение источников поступлений и предыдущих владельцев, расшифровка маргиналий, экслибрисов, печатей и штампов, изучение архивных материалов, публикация результатов научных исследований.

С 1996 г. ежегодно библиотека проводит источниковедческую конференцию  "Чтения Отдела рукописей  Санкт-Петербургской консерватории", которая вызывает большой интерес у специалистов в области хранения, изучения и экспонирования музыкальных рукописей и других источников, хранящихся в архивах, музеях и библиотеках России. Спектр проблем, затронутых участниками, и их количество доказали своевременность и актуальность такой конференции. В 1998 г. она стала международной, в ней приняли участие представители европейских музыкальных организаций.

По материалам «Чтений» изданы четыре сборника статей "Петербургский музыкальный архив" и сборник "Вопросы музыкального источниковедения и библиографии". В них вошли публикации  по рукописным фондам Петербурга и Москвы, подготовленные сотрудниками Российской Национальной библиотеки, Библиотеки Академии Наук, Института русской литературы, Российского Института истории искусств, Государственного Центрального музея музыкальной культуры, Государственного Дома-музея П.И.Чайковского, Центрального государственного архива литературы и искусства, Центрального государственного исторического архива и др. Значительную часть материалов представляют статьи педагогов Консерватории и сотрудников НМБ.

Библиотекой издан каталог-справочник «Автографы Н.А. Римского- Корсакова в Отделе Рукописей Библиотеки Санкт-Петербургской консерватории». Подготовлены электронные библиографические базы данных «Н.А. Римский-Корсаков: библиография», «Автографы П.И. Чайковского в хранилищах Петербурга».

Сотрудники Библиотеки опубликовали в 1995-2002 гг. более 40 работ.

На базе НМБ в 1996 году заведующей отделом иностранной литературы  Градобоевой Н.В. была защищена кандидатская диссертация «Информационные потребности специалистов в области музыкального искусства». Результаты исследования успешно применяются в различных направлениях деятельности библиотеки.

Начата работа по переводу с иностранных языков некоторых рукописных материалов и отдельных изданий из фондов НМБ.